從一九一五年陽曆七月初開始,余清芳和江定發動了一連串的攻擊事件,燒毀許多派出所,殺害數十名日本和台灣警民。八月初,日本警察和軍隊反攻,雙方在吧哖(今日的玉井鄉)虎頭山兵鋒交接,余清芳等人不敵日本的機關槍和大砲,死傷慘重。日方軍警隨後在附近村庄,以及余清芳等人逃亡藏匿的山區進行大規模的搜捕行動,燒毀許多民房,並有一些百姓遭到報復性的殺害。八月二十二日,余清芳被捕,並且在九月二十三日被處以死刑。不過,由於江定等人仍然在逃,日本政府為了避免南化地區的村民暗中資助他們,因此一方面派人繼續搜捕,另一方面則將此一地區的大部分居民遷到吧哖庄暫住。到了十月初,日人更嘗試派遣參與起事者的家眷婦女、兒童,共計一百一十五名,攜帶口糧上山尋找及勸降,但這個方法並沒有收到任何的效果。到一九一六年四月,殖民政府才透過地方人士的交涉,說服江定自首。江定等人於一九一六年九月被處以死刑,吧哖事件終告落幕。