如果要了解吧哖事件的動員情形,《余清芳抗日革命案全檔》(以下簡稱《全檔》)有相當詳細的資料可供參考;因為該檔案不僅有1,584名參與起事者的個人資料,同時對1,393名參與者的招募過程有相當完整的記載,包括招募者的姓名等基本資料、被招募的日期、以及入會儀式的簡單描述。從《全檔》的資料看來,雖然過去研究此一事件的學者強調余清芳一直想要推翻日本殖民政權,但是吧哖事件招募成員的行動則是到一九一四年後半年才真正開始。在一九一四年七月之前,僅有54人加入,到了這一年年底,參與者也不過是206名而已。這些人大多數住在今日的台南縣市,他們大都是余清芳本人招募的,由此可見,在一九一四年這一年的動員情形並不積極,招募成員的網路也尚未建立起來。到了一九一五年就不同了,共有1,187名參與者加入,而在二月到五月間短短四個月內,就迅速吸收了547人的加入。另外一波動員的高峰是一九一五年八月初,余清芳與江定在今日左鎮、南化地區成功地攻下好幾個派出所,當地居民似乎認為天命真正要改變,因此有343人立刻加入余清芳的起義。不過,也有人強調,其實不少村民是被這些「土匪」強迫加入。
就參與起事者的地理分佈而言,雖然羅君從中國招募了一些人,但事件爆發後大部分都逃之夭夭,只有2名被抓。此外,羅君也透過他在北部和中部的朋友,在台北廳共招募了24名參與者,大都是商人,又在台中廳招募了41人。南投廳方面,游榮、李火見和李火生共招募了59名參與者。上述100多人中,並未參加吧哖事件的戰鬥過程。

相對來說,南部的動員過程相當積極而有效率,值得注意的是,雖然余清芳以台南市的西來庵為主要的基地,但是只有16名參與者住在台南市,包括前面談到的蘇有志、鄭利記、王藍石、盧乙等地方菁英,這些人雖然招募了許多參與者,但是他們的動員範圍卻以台南廳跟阿緱廳(今日台南縣和高雄縣)為主。由於余清芳、蘇有志成功地與江定等人的地方勢力結合,所以在短短幾個月內就在台南廳和阿緱廳招募了1,271名參與者,其中的1,005名來自於台南廳跟阿緱廳的十五個村庄(台南廳村庄的參與者共817名;阿緱廳的參與者共188名)。事實上,十五村庄的參與者應該比這個數字多,因為光是八月初的戰鬥過程中,就有200多村民陣亡,八月中到年底間,也有數百名村民被殺害或因環境惡化而病逝,逃逸的村民人數更是無法計算。
為什麼在這十五個村庄的動員過程特別順利呢?其中的一個重要的原因是因為江定是當地人,所以享有地利、人和的好處。清治時期以來,十五村庄的地方菁英雖然包括一些讀書人,但大部分反而為「地方頭人」,就是也未必讀了多少書、未能做高官,但是在地方上具有相當影響力的人物。這些地方頭人會因個人利益和政府合作,但有時也為了自己的利益兒阻礙政府的政策,因此常常被統治者貼了「土豪劣紳」的標籤。這十五個村庄的地方頭人懂得自我防衛的重要性,也不排除用武力來解決問題。據傳清治時期,有一天左鎮望族簡家的牛被人偷走了,簡家的家長立刻寫信給隔壁村庄的村長,叫他馬上把牛歸還,否則要發動攻擊,被偷走的牛竟然很快就回來了。
為了準備吧哖事件的武裝抗爭,江定聯絡許多原來在十五個村庄中相當有勢力的領導人物。如劉黃 (余清芳和江定的重要幕僚和戰略家)在清末和日治初期經營過糖?,後來因為殖民政策的改變而面臨了破產的危機。此外,如黃旺和張阿賽二人都擔任過區長。江定也積極透過當地保甲制度中的保正與甲長迅速動員這十五村庄的村民。其中比較重要的人物包括:內庄仔庄的地主和保正嚴朝陽,招募了68名新的參與者;阿里關的保正潘春香,招募了56名新的參與者,並且籌募130圓,他在戰鬥中擔任隊長。還有沙仔田的保正黃永龍,招募了55名新的參與者。中坑的甲長呂丁標,招募了22名新的參與者。大坵園的保正林枝發,招募了20名新的參與者等等。

余清芳和江定所以能夠在這十五村庄中順利動員的另外兩個重要原因,一是因為當地的人口結構與文化型態比較特殊,二是當地有長期抵抗外來政權的歷史傳統。就拿人口結構來說,在吧哖事件發生的前五年(一九一0)、與前一年(一九一四), 這十五個村庄的人口數大約維持在19,000人左右,其中平埔族人口約佔總人口數的27%,平埔族人口主要分佈於沙仔田庄、芒仔芒庄、崗仔林庄、阿里關庄、大邱園庄、茄苳湖庄等村庄,尤其是大邱園庄有超過九成人口為平埔族,崗仔林庄與茄苳湖庄的平埔族人口也佔半數以上。因為平埔族人過去基本上很少對其女子實行纏足,所有根據一九一五年的第二次臨時台灣戶口調查的統計資料,前述村庄的纏足比例特別低,在崗仔林庄只有28%的女性曾經纏足,茄苳湖庄的比例也只有21%,而阿里關庄和大邱園庄809名女性中,只有2名女性曾經纏足。

就十五村庄的民間信仰而言,當地最受歡迎的神明為土地公、玄天上帝和觀世音菩薩。這些神明在台灣各地都非常普遍,但是在這個地區比較特別的是祂們同樣受到當地漢人與平埔族的崇拜。如玉井鄉著名供奉玄天上帝的廟宇「北極殿」,創建於一七一一年,它是漢人與平埔族一起前往祭祀的地方公廟(地方人民共同出錢興建的廟宇)。雖然後來由於漢人的大量移入,迫使當地不少平埔族遷移到甲仙,但是這些平埔族透過分香維持與玉井北極殿的關係,並且定期回去拜拜。由於十五村庄的民間信仰以玄天上帝和觀世音菩薩為主,所以吧哖事件前招募成員的入會儀式中,經常是以這兩尊神明作為祭拜的對象。又因當地漢人與平埔族能夠克服族群的隔閡,一起祭祀同一尊守護神,所以要他們團結起來抵抗日本殖民政權,就不是一件很困難的事。
左鎮比較特殊的是基督教徒相當多。早在一八六0年代,蘇格蘭人Dr. James L. Maxwell (1836-1921) 等長老教會的傳教士開始在左鎮地區傳教,建立了自己的教堂。如岡仔林的平埔族有很大的比例是長老教會的信徙,該處教會成立於一八六七年。英國攝影師和冒險家John Thomson (1837-1921) 於一八七0年代到當地旅行時,估計左鎮的基督教徒人數約為1,000人,而且幾乎都是平埔族。這些基督教徒相當的團結,所以參與吧哖事件的崗子林庄村中沒有基督教徒或平埔族。
十五村庄的另外一個重要特徵是當地人擅長於武術,也不排除用武力來解決問題。前面已經談到簡家失牛威脅隔壁村庄的事情,也提到宋江陣這種武術團體在地方社會的重要性。因此,吧哖事件被鎮壓之後,殖民政府所沒收的武器宋江陣的道具
非常類似,應該也不是巧合。雖然清朝政府試圖透過保甲和跟聯庄制度來維持地方的治安,但是並不能夠有效地治理這個地區。根據十九世紀末地方志《安平縣雜記》的記載,當地地方官一直無法收土地稅,但居民還是會乖乖地向附近的高山族原住民「納租」,以免人頭落地。清末到過此地區的外國人也對於居民的暴力傾向,留下深刻的印象,如英國海關人員William A. Pickering (必麒麟; 1840-1907) 在一八六0年代到這個地區時,特別提到當地小朋友的玩具有玩具槍枝、刀子和弓箭,甚至於會用這些玩具來嚇唬陪伴Pickering 的漢人。日本殖民政府老早知道這個地區不好管理,因而把它稱為「化外之天地」,時常抱怨其居民「頑迷固陋」,拒絕接受日本人所帶來的「文明」。
根據前面的資料顯示,由於十五村庄具有比較特殊的社會結構與文化型態,所以當余清芳和江定努力透過當地地方領袖招募新的參加者時,能夠有很好的成績,再加上余清芳等領導人物所宣傳的千禧年信仰及入會儀式,對於飽受天災之苦的村民來說,相當具有吸引力,使得整個動員過程更加順暢。以下將從敘述宗教信仰在吧哖事件中所扮演的角色。