大部分研究吧哖事件的學者常以「迷信、謠言」等字眼來描述參與者的宗教信仰與實踐,如涂順從在《南瀛抗日誌》裡有以下的敘述:「余清芳的革命以宗教為骨幹,利用迷信迎合民意……在資訊不發達,民智未開的時代裡,藉用迷信、謠言,末嘗不是一種掌控民心的萬靈神符。如果再把迷信、謠言做一妥善的結合,更能如虎添翼。」即使是以客觀的學術立場研究過這個課題的學者,也往往利用「白蓮教」、「天地會」等籠統的名詞來形容它。這是相當可惜的事,因為和吧哖事件有關的宗教信仰與實踐其實相當多元、精彩,包括自明、清時期以來流行的民間教派千禧年信仰與秘密社會入會儀式。
首先,讓我們從余清芳等領導人物所擁有的經書談起。根據相關檔案資料,這些人被逮捕時身上帶著下列經書:《高王真經》、《太陽經》、《無極聖帝大洞真經》、《北斗經》、《關帝明聖經》、《警心篇》、《志祖師救現劫真經》。《高王真經》、《太陽經》、《無極聖帝大洞真經》、《北斗經》、《關帝明聖經》並未表明任何千禧年信仰;《警心篇》則是余清芳等人在西來庵用扶乩的方式所寫的善書,也沒有提到千禧年信仰。唯一具有濃厚千禧年信仰的經書就是《志祖師救現劫真經》。這本經書原來是於一八六二年由重要參與者之一,著名出版商盧乙(1867-?)的父親盧崇玉,在他所經營的書店「松雲軒」刻印的,吧哖事件爆發前,再由盧乙重印。它的內容基本上和唐宋以來著名千禧年信仰經書《五公經》相當類似,如《志祖師救現劫真經》中所謂的「志祖師」,就是《五公經》裡面的 「志公」。本書很生動地描寫在寅年或卯年即將發生的浩劫,並且預言將有一尊擁有寶劍、率領天兵天將的救世主下凡來,救濟相信該經、加入相關宗教團體的善男信女。此外,本書也強調護身符及旗幟的重要性。

上述的信仰在吧哖事件前招募中、南部的參與者時,扮演了關鍵角色。根據李火見的口供,說他自己擁有一本《志祖師救現劫真經》,是游榮贈送給他的。因此,我們可以推斷:余清芳等中、南部領導人物在招募參與者的過程中,常常以《志祖師救現劫真經》的千禧年信仰來吸引他們加入。許多被逮捕
的人供詞中,敘述招募他們的人曾經做以下的宣傳:日本統治台灣二十年,氣數將盡,農曆七月初,台灣的天地將變為黑暗,天會降下毒雨,掀起黑風,誅滅日人及其他惡人等災異預言。那個時候,來自於中國的軍隊將乘機渡台協助驅逐日本人;甚至也傳說袁世凱將率領軍隊渡台,和日軍展開戰門。關於救世主的陳述,則宣佈台灣南部山區已經有具有皇帝之相的人誕生,這個皇帝有種種特異功能,如他持有的寶劍,只要出鞘三分,就可以殺死三萬個敵人,並且得到劉伯溫、呂洞賓兩位聖人的護持,將教授隱身術、避彈術等特異功能。余清芳等人在做了以上的宣傳之後,就向有意參與的人發售避彈神符,要他們經常攜帶,作為保身之用。凡是信仰玉皇上帝、九天玄女、關聖帝君的人,佩戴的神符就能發揮神奇的效能,在戰場中可避免中彈,也不會有死傷。余清芳等人藉此向被招募者募集資金,同時也指控日本統治的稅賦繁重等惡政,並且宣佈武裝抗爭成功之後,參加抗爭者將可以免除賦稅、也有官做等好處。這些宣傳的確說服了一些人,使各地的參與者逐漸增加。
在宗教實踐方面,余清芳等領導人物以及中南部的部分參與者熱中於扶乩儀式,余清芳甚至在出兵之前往往需要請鸞。此外,占卜儀式也相當重要,如中部領導人賴宜曾經在朋友的廟宇中擲筊,向神明請示「這次的武裝抗爭是不是能夠成功?」結果得到聖筊,使得他信心滿滿。不過,影響最多參與者的宗教實踐分則是吃素、立誓和祭旗三方面。就吃素來說,雖然當時的殖民政府以及戰後的部分學者把吧哖事件的參與者視為齋教的信徒,但是事實上真正的齋教徒參與者非常少。絕大部分加入余清芳抗爭事件的民眾之所以吃素是和他們買到的護身符有關,因為根據余清芳、羅俊等領導人的說法,擁有護身符的人務必要吃素,護身符才會靈驗。另外還有一種說法,則是只有吃素的參與者才能在天災發生期間得到救世
主的救援。不過,對許多住在山區的農民來說,要每天嚴格吃素是一件很困難的事情,因此,有些參與者在加入余清芳起義計劃之後,不久就放棄了吃素的行為。
吃素也影響及中、南部參與者所進行的立誓儀式。這種立誓儀式有很長久的歷史,可以追溯到中國春秋戰國時期的詛盟、血盟等儀式。到了明清時代、甚至於今日,不管是支持政府的武裝組織或是抵抗政府的武裝組織,都會進行類似歃血為盟的儀式。在台灣這種儀式和清代的民變也有密切的關係,如林爽文事件、戴潮春事件等等。不過,吧哖事件比較特殊的是,想加入余清芳起義計劃的民眾,雖然必須向玄天上帝、九天玄女等武神發毒咒:「如果背叛了余清芳,願意全家滅絕。」不過,由於他們吃素,所以並沒有歃血為盟,而代之以一種紅色的丹水或神水。

除了吃素、立誓以外,另外一種與吧哖事件有關的重要儀式為祭旗。祭旗也是一種古老的儀式和重要的軍禮,它主要的目的是在出戰之前透過祭拜武裝組織(包括支持國家的軍隊、團契和抵抗國家的兵團)所擁有旗幟的守護神,以及其他武神來鼓舞士氣。祭旗的時候,一定要向旗幟的守護神以及其他武神供奉牛、馬、羊、豬或公雞,有時還順便歃血為盟。到了明清時期,殺人祭旗的行為越來越普遍,不但強盜或抗軍會用這種儀式來處置被俘虜而拒絕投誠的官員,甚至清軍也曾經殺俘虜祭旗,用以安撫在戰役中陣亡官兵的靈魂。清代台灣,都曾出現這兩種儀式,如在林爽文事件中,一方面有官兵(如鄭朝鳳、阮履清等)被林爽文軍捊擄,不肯投降,便殺他來祭旗;另一方面,被派到台灣鎮壓林爽文事件的官兵也曾經抓到七名「土匪」,殺了他們來祭旗。到了日治時期,以牲祭旗和殺人祭旗的行為仍然存在,一九一四年台南六甲地方頭人羅臭頭 (?-1914) 發動武裝抗爭前,也舉行過祭旗儀式,甚至預計把他討厭的日籍警官抓來祭旗,後來因打了敗仗而沒法付諸實行。
吧哖事件之中,余清芳、江定以及他們所率領的抗爭隊伍曾經舉行過好幾次以牲祭旗和殺人祭旗儀式。據傳一九一五年七月初,江定準備發動戰鬥時,曾經舉行過祭「元帥旗」的儀式。同時,因為江定認為:要將元帥旗祭到自行豎立為止,這樣起義才能成功,所以他在祭旗的時候發了重誓「只要能夠打勝戰,就算是犧牲自己的親生兒子江憐,也在所不惜。」結果元帥旗竟然自行豎立,這個誓言有一部分也真的應驗了,江憐中了頭門鎗,是此一武裝抗爭中第一個戰死的人。但是江定所謂的「大事」最後還是沒有成功。
在殺人祭旗方面,有一種說法是甲仙的抗軍曾經把台籍警員的妻子殺來祭旗,並且把她的屍體切成四塊,吊在樹上。除此之外,一九一五年八月初,余清芳所率領的抗軍在攻打左鎮內庄仔庄時,曾經審判過兩名被指控為通風報信的奸細,由余清芳擔任法官,這兩名被告都被判有罪,余清芳立即把一面「斬官紅旗」授予內庄仔庄保正(村長)的親戚,命令他們把這兩名罪人押到村外溪邊,以柴刀當斬刀,將他們斬首祭旗並示眾。這些故事的真相如何,恐怕很難以考證,但至少反映出以
牲祭旗和殺人祭旗儀式有兩個重要特徵,這些儀式一方面可以賦予武裝抗爭者某種程度的合法性,另一方面它們也屬於地方社會的一種審判法和私刑,可以用來對付社群中的「罪人」或「害群之馬」。