吧哖事件中的死亡人數問題,從未有過定論。如王詩琅指出:慘遭殺害的庄民確實數字無從得知,據傳至少有數千人。周宗賢的研究提到有一個村庄「被從庄頭殺至庄尾」,認為日方對於其它村庄可能也有報復性的滅庄行為。

一九一五年八月初,當日本軍警衝到吧哖去反制抗軍的攻擊時,究竟有多少男女老幼遭到屠殺?有多少當地婦女遭到性侵害?就檔案資料而言,一九一五年八月七日,日本警官的報告中有這麼一句話,「六日,軍隊於竹圍庄及其附近村庄,燒民房300」。 就武裝抗爭史的角度來說,有這麼多房屋被燒燬的話,通常也會有民眾被殺害的情形發生。

我認為要進一步探究在事件中的死亡人數,以及究竟有沒有所謂「屠庄」的情形,可以從日治時期的戶籍資料找到一些佐証。我曾經研究過下列十個村庄的戶籍資料,沙仔田、芒仔芒、竹圍 (位於今台南縣玉井鄉)、岡仔林、內庄仔庄、(位於今台南縣左鎮鄉)、菁埔寮、中坑、南庄、北寮、竹頭崎 (位於今台南縣南化鄉),發現這十個村庄確實有不少人遭到殺害。

總計1915年七月至十二月間,十個村庄的死亡人數為1,789人,但是必須強調的是,這些村民的死因相當多元,包括陣亡、被屠殺、病逝等等。以八月六日的死亡人數看來,十個村庄中共有993村民死亡,包括740名男性、112名女性和141名十六歲以下的未成年人。死亡人數最多的村庄是竹圍,共有246村民死亡,包括125名男性、64名女性和57名十六歲以下的未成年人(請見表1。這一天死亡人數較多的村庄還有菁埔寮,共有118村民死亡,全數為成年男性;南庄則有114村民死亡,包括111名男性和3名十六歲以下的未成年。這兩個村庄在這一天並未爆發戰鬥,有這麼多成年男子死亡,可能是在戰役中陣亡,也有可能是在吧哖之役後被選擇性地殺害,或者是以上兩種情況都有。另外,從內庄仔庄、竹頭崎庄的死亡人數,多少能夠看出「屠庄」的痕跡。內庄仔庄共有102村民死亡,包括71名男性、15名女性和16名十六歲以下的未成年者。竹頭崎則有共有191村民死亡,包括146名男性、15名女性和30名十六歲以下的未成年者。兩天之後──即八月八日,竹頭崎還有另一波的死亡高潮,計有39名村民死亡,包括9名女性30名十六歲以下的未成年者(其中有17名是五歲以下的小孩)(請見表23。根據檔案資料顯示,日本軍警從未逮捕十六歲以下的男女,因此這些未成年人很可能是遭到殘殺的。

即使到了八月底,余清芳已經被捕,戰火也平息了,但是部分村庄的死亡人數仍然持續增加。這是因為那些房屋被燒燬的村民的生活、健康條件變差所致。此外,由於搜捕江定的任務遲遲無法達成,部分日本警官開始向無辜的村民發洩他們的怨氣所致。例如這一年的十月,日本警官命令在逃的四十四名抗軍家眷中的婦女和小孩進入山中尋找其親屬,發給他們每個人一星期的糧食,找不到就不准返回。這批婦孺共有115人──包括45名婦女、70個小孩,纖弱的婦女帶著年幼的小孩踏上崎嶇險阻的山路,艱苦危險是可想而知的;其結果並沒能誘出幾個抗軍,倒是有不少婦孺病倒或死在山中(請見表4)。

整體來說,從吧哖事件前後的死亡人數,可以看出兩種現象:1915年七月至八月間的死亡人數非常高,而且以成年男性為主,死因主要為陣亡或被屠殺;同年九月至十二月間的死亡人數雖然有減少,但大多數為婦女、老人及幼童為主,死因主要為病逝。

更長期而言,由於這十村庄的成年男性中,有很多人被殺害,或者是因此事件入獄服刑,所以這些村庄的人口很難回到原有的水準,甚至於到了1919年仍然在減少中。1920年四月,大目降公學校菜寮分校(現左鎮國小前身)創校時,一年級的新生有六十多名,而內庄仔庄竟然沒有入學的學童。